تهتم بمجالات التعليم، والثقافة، والإعلام، والتكوين، والبحث العلمي، والشؤون الاجتماعية، والتشغيل، والرياضة، والشبيبة، والصحة، والعدل، والإقامة وتنقل الأشخاص، وشؤون الجالية المغاربية.
- وتقوم اللجان الوزارية المتخصصة بالتعاون مع لجنة المتابعة والأمانة العامة بوضع التصور للخطط والجداول الزمنية اللازمة لتنفيذ برنامج عمل الاتحاد المصادق عليه من طرف مجلس الرئاسة.
- تتكون اللجان الوزارية المتخصصة من الوزارات والأمانات الشعبية المعنية حسب القطاعات التي تدخل في مهامها، كما تتفرع عن اللجان الوزارية المتخصصة مجالس وزارية قطاعية وفرق عمل حسب ما يقتضيه عملها، وعليها الاستعانة بذوي الخبرة والكفاءات المغاربية.
- تعرض اللجان الوزارية المتخصصة نتائج أعمالها على مجلس وزراء الخارجية وتمارس نشاطها بالتنسيق مع لجنة المتابعة والأمانة العامة.